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審決分類 審判 査定不服 1項3号刊行物記載 特許、登録しない(前置又は当審拒絶理由) C12N
管理番号 1382564
総通号数 4 
発行国 JP 
公報種別 特許審決公報 
発行日 2022-04-28 
種別 拒絶査定不服の審決 
審判請求日 2019-07-26 
確定日 2022-03-16 
事件の表示 特願２０１７− ９３７５１「無カプシドＡＡＶベクター、組成物ならびにベクター製造および遺伝子運搬のための方法」拒絶査定不服審判事件〔平成２９年１０月２６日出願公開、特開２０１７−１９２３８５〕について、次のとおり審決する。 
結論 本件審判の請求は、成り立たない。 
理由 第１ 手続の経緯
本願は、平成２４年 ３月１２日（パリ条約による優先権主張 ２０１１年 ３月１１日 （ＵＳ）アメリカ合衆国、２０１１年 ３月１２日 （ＥＰ）欧州特許庁）を国際出願日とする特願２０１３−５５７１３８号の一部を平成２９年 ５月１０日に新たに特許出願されたものであって、平成３１年 ３月１４日付けで拒絶査定がなされ、これに対して、令和 １年 ７月２６日に拒絶査定不服審判請求がなされるとともに手続補正がなされたものである。その後の当審における手続の経緯は、以下のとおりである。
令和 １年 ９月１８日付け 審判請求書の手続補正書
令和 ２年１２月 ８日付け 拒絶理由通知書
令和 ３年 ６月１５日付け 意見書、手続補正書

第２ 本願発明
本願の請求項１〜７に係る発明は、令和 ３年 ６月１５日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜７に記載されたとおりのものであるところ、その請求項１に係る発明は、次のとおりのものである（以下、「本願発明」という。）。

「【請求項１】
対象者の細胞、器官または組織において外因性ＤＮＡの発現を介在する、関心のあるヌクレオチド配列を運搬するための方法において使用するための、単離された線状核酸分子であって、
該単離された線状核酸分子は、第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向末端反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲからなり、
第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向末端反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲをこの順序で含み、ＡＡＶカプシドタンパク質コード配列を欠き、及び
該核酸分子は原核生物型のＤＮＡメチル化を欠く、
単離された線状核酸分子。」

第３ 当審で通知した拒絶の理由
令和 ２年１２月 ８日付けで当審が通知した拒絶理由の概要は、請求項１〜６に係る発明は、本願優先日前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった引用文献１に記載された発明であるから、特許法第29条第1項第3号に該当し、特許を受けることができず、また、当該引用文献１に記載された発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第29条第2項の規定により特許を受けることができない、というものである。

第４ 引用文献の記載事項及び引用発明の認定
当審の拒絶理由で引用文献１として引用した、本願優先日前に頒布された刊行物である特表２００８−５０３５９０号公報（以下、「引用文献１」という。）には、以下の事項が記載されている（下線は合議体による。）。

ア．「【請求項７６】
人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターであって、５−プライムから３−プライムの方向に向かって：
５プライムＡＡＶ−ＩＴＲ；
生物学上活性な因子をコードする単鎖ＤＮＡ；
内部ＡＡＶ−ＩＴＲ；
生物学上活性な因子をコードする単鎖ＤＮＡの逆相補体；及び
３プライムＡＡＶ−ＩＴＲ
を含むベクター。
・・・・・・・・・・・・
【請求項８１】
生物学上活性な因子をコードする直鎖状二重鎖ＤＮＡのデリバリーのための人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターであって、各鎖の５−プライムエンド及び３−プライムエンドにＡＡＶ−ＩＴＲｓを有する直鎖状二重鎖ＤＮＡを含む、人工ＡＡＶベクター。」（【請求項７６】〜【請求項８１】）

イ．「【請求項８６】
人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを作成するための方法であって、
５−プライムから３−プライム方向に向かって、５−プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ、及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをＤＮＡプラスミド中にＤＮＡクローニング方法により集合させ；
インビトロ転写方法を用いてＤＮＡプラスミドから単鎖ＤＮＡの単鎖ＲＮＡ転写物を生成させ；
逆転写反応方法を用いて逆転写によりＲＮＡ転写物から単鎖ＤＮＡを生成させ；
ＲＮａｓｅ酵素を用いたＲＮＡの消化により反応産物からＲＮＡ転写物を取り出すこと
を含む方法。
【請求項８７】
ゲル精製、カラム親和法、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるＤＮＡ精製方法により反応産物から単鎖ＤＮＡ産物を精製することをさらに含む、請求項８６記載の方法。
【請求項８８】
人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを作成するための方法であって、
５−プライムから３−プライム方向に向かって、５−プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ、及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをＤＮＡプラスミド中にＤＮＡクローニング方法により集合させ；
５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲのすぐ５−プライムにてプラスミド配列中の公知の一カ所にてＤＮＡを切断する制限酵素によりプラスミドを消化することにより環状プラスミドを直鎖状化し；
直鎖状化されたプラスミドの各鎖の５−プライムエンドに親和性タグを化学的にコンジュゲートし；
３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲのすぐ３−プライムにてプラスミド配列中の公知の一カ所にてＤＮＡを切断する制限酵素によりＤＮＡ配列を切断するが、制限酵素が異なるサイズの２つの直鎖状二重鎖ＤＮＡセグメントをもたらすようにし；
サイズによりサイズ分離方法を用いてＤＮＡ分子の集団を分離して二重鎖ＤＮＡを回収し；そして
ＤＮＡを融解することにより、その２つの相補鎖を２つの単鎖に分離し、そして混合物をタグのための親和性カラムに通すが、タグを付加された鎖がカラム上に捕捉されて、一方タグのない単鎖は所望の最終産物としてフロースルーするようにすること
を含む方法。」（【請求項８６】〜【請求項８８】）

ウ．「【００２２】
遺伝子又は遺伝子抑圧因子を患者の脳へデリバリーするための人工ＡＡＶベクターの使用は、プラスミドＤＮＡをデリバリーすること、又は実際のＡＡＶウイルス粒子をデリバリーすることを超えた多数の利点を有し得る。プラスミドＤＮＡよりも、ＡＡＶベクターのＤＮＡを脳へデリバリーする一つの可能な利点は、霊長類の脳内でのＡＡＶによりデリバリーされた遺伝子構築物の発現が少なくとも３から４年は継続することが知られていることであり、一方、プラスミドからの遺伝子構築物の発現は一時的である。ＡＡＶウイルス粒子のデリバリーを超えた合成ＡＡＶベクターのＤＮＡをデリバリーする利点は、いくつかあり得る。第１に、まさにＤＮＡのデリバリーはＡＡＶウイルスキャプシッドの患者脳へのデリバリーを回避できる。ＡＡＶウイルスキャプシッド蛋白質が免疫応答をおそらくは誘導するから、ウイルス粒子をデリバリーする必要が無しで済むということが、治療に対する逆免疫反応の危険のほとんどを回避することができる。さらに、ＤＮＡのデリバリーは、ＡＡＶキャプシッドを作成してＤＮＡをウイルスキャプシッドにパッケージするための操作されて且つ培養された細胞の使用を必要とする難しい製造工程である、完全なＡＡＶ粒子を生産する必要性を回避できる。最後に、ＡＡＶ粒子よりもＤＮＡをデリバリーすることは、約４，７００塩基のＤＮＡという、ＡＡＶキャプシッド内にパッケージできるＤＮＡの長さに対する自然の制限を回避できる。このサイズの制限は遺伝子抑圧のための構築物のデリバリーに関する問題ではないが（例えば、小干渉ＲＮＡをコードするＤＮＡ）、欠落した遺伝子の配列が４，７００塩基を超えるなら、それは欠落した遺伝子のデリバリーの制限になり得て、ＡＡＶの遺伝子治療のためのベクターとしての使用に関する制限として注目された。」（【００２２】）

エ．「【００４９】
簡単に言えば、本発明において開示されて使用された組成物は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（単鎖また二重鎖ベクター；好ましくは単鎖ベクター）であって、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ；及び血液−脳バリヤーを通して少なくともＤＮＡをデリバリーする成分（例えば、本明細書にて記載された受容体−特異的リポソーム）を含む。いくつかの態様において、人工ＡＡＶベクターは、５プライムから３プライム方向に、５プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）；生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ；及び３プライムＡＡＶ−ＩＴＲを含む。別の態様において、人工ＡＡＶベクターは、５プライムから３プライム方向に、５プライムＡＡＶ−ＩＴＲ；内部ＡＡＶ−ＩＴＲ；生物学上活性な因子をコードする単鎖ＤＮＡの逆相補鎖；及び３プライムＡＡＶ−ＩＴＲを含む。また別の態様において、人工ＡＡＶベクターは、各鎖の５プライム及び３プライムエンドにＡＡＶ−ＩＴＲを有する直鎖状二重鎖ＤＮＡを含む。好ましくは、人工ＡＡＶベクターは、キャプシッドをコードするためのコーディング配列を含まず、即ち、好ましいベクターはウイルスキャプシッド構造内に封入されない。人工ＡＡＶベクターを作成する方法も開示される。
【００５０】
ＤＮＡが小干渉ＲＮＡをコードする態様に関して、上記組成物は、とりわけ、病原性蛋白質により誘導される様々な神経変性障害を治療するのに有用であり得る。ＤＮＡが蛋白質をコードする態様に関して、上記組成物は、とりわけ、蛋白質の不在により誘導される様々な神経変性障害を治療するのに有用であり得る。」（【００４９】〜【００５０】）

オ．「【００６１】・・・・・・・・・・・・
小干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）
以前に示されたとおり、本明細書に記載される小干渉ＲＮＡ（又はｓｉＲＮＡ）は、１５から３０ヌクレオチドの長さの二重鎖ＲＮＡのセグメントである。それは、ＲＮＡ干渉として知られる細胞反応を誘導するために使用される。ＲＮＡ干渉においては、二重鎖ＲＮＡをダイサーと呼ばれる細胞内酵素で消化し、ｓｉＲＮＡ二重鎖を生成する。当該ｓｉＲＮＡ二重鎖は別の細胞内酵素複合体に結合して、それにより如何なるｍＲＮＡ分子がｓｉＲＮＡ配列に相同（又は相補）なものは何でも標的化するように活性化される。活性化された酵素複合体は標的化ｍＲＮＡを分割し、それを破壊し、そしてその相当する蛋白質生成物の合成を指示するために使用されることを阻止する。最近の証拠は、ＲＮＡ干渉がウイルス感染に対する防御（多くのウイルスが外来ＲＮＡを細胞へ導入する）のためのみならず、極めて基礎的なレベルにおける遺伝子制御のためでもある、古来の内在的機構であることを示唆する。ＲＮＡ干渉は、植物、昆虫、下等動物、及び哺乳類において起こることが示され、そして他の遺伝子サイレンシング技術、例えばアンチセンス又はリボザイムよりも劇的に効率よいことが見いだされた。バイオテクノロジーを用いれば、ｓｉＲＮＡは、細胞へ、侵入する二重鎖ＲＮＡウイルスからダイサーにより生産されるはずのものと類似のＲＮＡの短い二重鎖分子を導入する（又は細胞が生産するように誘導する）ことを含む。人工の誘導されたＲＮＡ干渉プロセスが、次にその点から続く。
【００６２】
小干渉ＲＮＡを患者の脳にデリバリーするために、好ましい方法は、ｓｉＲＮＡ分子自体よりもｓｉＲＮＡをコードするＤＮＡを脳の細胞内へ導入することになる。特定の生物学上活性なｓｉＲＮＡをコードするＤＮＡ配列は、（ａ）標的ｍＲＮＡの小さくて接近可能な部分に関する配列（公的なヒトゲノムデータベース内で利用可能；また、Ｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１００：６３４３−６３４６（２００３）およびｒｏｃｋｅｆｅｌｌｅｒ．ｅｄｕ／ｌａｂｈｅａｄｓ／ｔｕｓｃｈｌ／ｓｉｒｎａ．ｈｔｍｌ及びｄａｒｍａｃｏｎ ｄｏｔ ｃｏｍにてワールドワイドウエブも参照）、及び（ｂ）ＤＮＡが細胞により転写されたときに対応するＲＮＡ配列の生産をもたらすＤＮＡを如何にして特定するかについてのよく知られた科学上の規則を知際に、特定され得る。
【００６３】
ＤＮＡ配列が一度特定されたなら、実験室の供給者からオーダーされた合成分子から実験室内で構築でき、そしてＤＮＡの細胞へのデリバリーのためのいくつかの別の「ベクター」の一つに標準生物学手法を用いて挿入することができる。患者の脳のニューロンにデリバリーされたなら、それらのニューロン自体が、挿入されたＤＮＡをＲＮＡに転写することにより、治療用のｓｉＲＮＡになるＲＮＡを生産することになる。結果は、細胞自身が標的化遺伝子を沈黙化するｓｉＲＮＡを生産する、ということになる。結果は、細胞により生産された標的化蛋白質の量の低下になる。
【００６４】
本発明によれば、冒された細胞内で生産された特定のｍＲＮＡに対する小干渉ＲＮＡがニューロン内の疾患に関連する蛋白質の生産を阻止する。本発明によれば、標的細胞に小干渉ＲＮＡをデリバリーするようにデザインされた特別にあつらえられたベクターの使用である。デザインされた小干渉ＲＮＡの成功は、神経変性疾患を治療するための脳の標的化された細胞へのそれらのデリバリーの成功に基づいて予測される。
【００６５】
小干渉ＲＮＡはヒト細胞へ特定のｍＲＮＡ分子を標的化可能であることが示された。ヒト細胞をトランスフェクトし、そして標的ＲＮＡの分割を誘導してコードされた蛋白質の生産を妨害する小干渉ＲＮＡを生産するための、小干渉ＲＮＡを構築することができる。
【００６６】
本発明の小干渉ＲＮＡベクターは、神経病原蛋白質自体の生産を抑圧するか、又は神経病原蛋白質の生産又はプロセシングに関与する蛋白質の生産を抑圧することにより、病原性蛋白質の生産を阻止する。治療剤の患者への繰り返しの投与は、患者の生活の質を改善するために十分多い数のニューロンの変化を成し遂げることが必要かもしれない。個々のニューロン内では、しかしながら、治療上の利益を提供するに十分な変化は長年にわたる。神経変性疾患、例えば、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、又は脊髄小脳変形症１型に冒された多くの患者の絶望的な状況は、治療からの利益が治療のデリバリーと投与の危険よりも勝るような強い見込みを提供する他の治療剤及び投与の経路により神経病原性蛋白質の生産のいくらかの低下を成し遂げることは可能かもしれないが、ニューロンのインビボにおける直接のトランスフェクションを含む成功した治療法の開発は、小干渉ＲＮＡベクターの標的細胞へのデリバリーに基づいた最良のアプローチを提供するかもしれない。
【００６７】
ｓｉＲＮＡをコードする例示のＤＮＡ配列を表１に掲載する。
・・・・・・・・・・・・
【００６９】
細胞培養実験により、上記配列の各々がヒト細胞により発現される対応遺伝子のｍＲＮＡのレベルを抑圧することにおいて有効であるｓｉＲＮＡをコードすることが確認された。
重要なことは、本明細書に例示された抗−アタキシン−１小干渉ＲＮＡ、抗−ＢＡＣＥ１小干渉ＲＮＡ、及び抗−ハンチンチン小干渉ＲＮＡ、並びに神経変性疾患を治療するための他の小干渉ＲＮＡは、発明の態様の当然のいくつかの例（ｊｕｓｔ ｂｕｔ ｓｏｍｅ ｅｘａｍｐｌｅｓ）である。神経科学において経験をした者には知られている、神経外科手法を動物と共に用いる実験は、候補の小干渉ＲＮＡを同定するために使用することができる。ｍＲＮＡ及びこれらの経験的な方法により同定された対応する小干渉ＲＮＡの標的部位は、主題の神経変性疾患の患者に投与されたときに多大な治療効果を導くものになる。
【００７０】
本発明の核酸分子に関して、小干渉ＲＮＡは、実際の蛋白質コーディング配列内か又は５プライム非翻訳領域あるいは３プライム非翻訳領域内の何れかにおいて、標的蛋白質の生産をコードするｍＲＮＡ配列内の相補配列を標的とする。ハイブリダイゼーションの後に、ｓｉＲＮＡによりガイドされた宿主の酵素がｍＲＮＡ配列を分割することができる。パーフェクトか又は高度の相補性が、小干渉ＲＮＡが有効になるのには必要である。相補性パーセントは、第２の核酸配列と水素結合（例えば、ワトソン−クリック塩基対）を形成できる核酸分子内の連続する残基のパーセンテージを示す（例えば、１０のうちの５、６、７、８、９、１０が５０％、６０％、７０％、８０％、９０％及び１００％相補性）。「パーフェクトの相補性」は、核酸配列の連続する残基全てが第２の核酸配列中の連続する残基の同じ数と水素結合することを意味する。しかしながら、ｓｉＲＮＡ配列中の単一のミスマッチ又は塩基置換は小干渉ＲＮＡの遺伝子サイレンシング活性を実質上低下させ得ることに注目するべきである。
【００７１】
アルファ−シヌクレイン、ＢＡＣＥ１（そのバリアント、例えばバリアントＡ，Ｂ，Ｃ，及びＤを含む）、ハンチンチン、アタキシン１、アタキシン−３及び／又はアトロピン−１のＲＮＡｓ内の特定の部位を標的とする小干渉ＲＮＡは、パーキンソン病、アルツハイマー病、ハンチントン病、脊髄小脳変形症１型、脊髄小脳変形症３型及び／又は歯状核赤核を細胞又は組織中で治療するための新規な治療上のアプローチを代表する。
【００７２】
本発明の好ましい態様において、小干渉ＲＮＡは、１５から３０ヌクレオチドの長さである。特定の態様において、核酸分子は、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、及び３０である。好ましい態様において、ｓｉＲＮＡ配列の長さは、１９−３０塩基対の間であり得て、より好ましくは、２１から２５塩基対の間であり、そしてより好ましくは、２１から２３塩基対の間であり得る。
【００７３】
好ましい態様において、発明は、所望の標的のＲＮＡに関して高い程度の特異性を呈する、核酸に基づく遺伝子阻害剤のクラスを生成するための方法を提供する。例えば、小干渉ＲＮＡは、好ましくは、アルファ−シヌクレイン、ＢＡＣＥ１（そのバリアント、例えばバリアントＡ，Ｂ，Ｃ，及びＤを含む）、ハンチンチン、アタキシン−１、アタキシン−３及び／又はアトロピン−１のＲＮＡをコードする標的ＲＮＡの高保存配列領域を標的とし、疾患又は症状の特異的な処置が発明の一つ又はいくつかの核酸分子に提供され得るようにする。さらに、一般には、アデニン塩基の対（ＡＡ）で始まる標的配列内の領域を同定することにより（実施例を参照）、干渉ＲＮＡ配列が選択される。ｓｉＲＮＡｓは適切な転写酵素又は発現ベクターを用いてインビトロ又はインビボにおいて構築することができる。
【００７４】
脳内のニューロンへの外来のＤＮＡのデリバリーのための好ましいベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、例えば組換えアデノ随伴ウイルス血清型２又は組換えアデノ随伴ウイルス血清型５である。あるいは、他のウイルスベクター、例えば、ヘルペスシンプレックスウイルスを外来ＤＮＡの中枢神経系ニューロンへのデリバリーに使用してよい。
【００７５】
ｓｉＲＮＡｓは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドを用いてインビトロにおいて構築することができる。これらのオリゴヌクレオチドは、サイレンサーｓｉＲＮＡ内に含まれるＴ７プロモーターのプライマーの５’エンドに相補な８塩基の配列を含むように構築することができる（アンビオンコンストラクションキット１６２０）。各遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを供給されたＴ７プロモータープライマーにアニールさせ、そして、クレノー断片によるフィルイン反応がＲＮＡへの転写のための完全長ＤＮＡ鋳型を生成する。インビトロ転写反応により、２つのインビトロ転写されたＲＮＡｓ（一方が他方に対してアンチセンス）が生成され、そして二重鎖ＲＮＡを作成するために互いにハイブリダイズされる。二重鎖ＲＮＡ産物はＤＮａｓｅ（ＤＮＡ転写鋳型を除去するため）及びＲＮａｓｅ（二重鎖ＲＮＡのエンドをポリッシュするため）により処理されて、カラム精製されることにより、細胞内にデリバリーされて試験できるｓｉＲＮＡが提供される。
【００７６】
哺乳類細胞内でｓｉＲＮＡｓを発現するｓｉＲＮＡベクターの構築は、一般には、ｓｉＲＮＡの構造を模した短いヘアピンＲＮＡの発現を推進するためにＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターを用いる。このヘアピンをコードする挿入物は、短いスペーサー配列により分離された２つのインバーテッドリピートを有するようにデザインされる。一つのインバーテッドリピートは、ｓｉＲＮＡが標的とするｍＲＮＡに相補性である。３’エンドに付加された６つの連続するチミジンの糸は、ｐｏｌ ＩＩＩ転写鋳型部位として機能する。細胞内部に入ったら、当該ベクターは構成的にヘアピンＲＮＡを発現する。ヘアピンＲＮＡは標的遺伝子の発現のサイレンシングを誘導するｓｉＲＮＡに加工されて、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）と呼ばれる。」（【００６１】〜【００７６】）

カ．「【００７８】・・・・・・・・・・・・
蛋白質の不在下で誘導される神経性疾患
代謝の先天的エラーとして知られる稀な遺伝的障害は、からだが食物をエネルギーに変換する（即ち、食物を代謝する）ことが不可能になる。当該障害は、通常、食物の成分を分解する生化学経路に関与する酵素の欠陥により引き起こされる。さらに、リソソーム蓄積症（ＬＳＤ）は、リソソームの酵素の何れかの機能発現の欠陥により特徴付けされる遺伝的疾患を意味する。
【００７９】
そのような疾患は、遺伝子治療により治療されるかもしれない。特に、欠陥のある遺伝子又は失われた遺伝子は当業者には知られている方法により同定されるかもしれず、のちに、置換遺伝子を用意して失われた部位へ供給されるかもしれない。
【００８０】
欠陥のある酵素をコードする例示のポリヌクレオチド、及び欠陥酵素に付随する疾患を表２に掲載する。
・・・・・・・・・・・・
【００９１】
表２に掲載された欠陥酵素をコードするポリヌクレオチドは、本発明の人工ＡＡＶベクターに含まれ得るポリヌクレオチドの例である。しかしながら、表２に掲載されたポリヌクレオチドに限定されることを意図しないものであり、当業者は、蛋白質の不在により誘導される追加の疾患を同定し、そして欠陥酵素をコードする追加のポリヌクレオチドを同定することができる。」（【００７８】〜【００９１】）

キ．「・・・・・・・・・・・・
人工ＡＡＶベクター
人工ＡＡＶベクターは、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡを含み、そして遺伝子又は遺伝子抑圧剤を患者のニューロンにデリバリーするのに使用することができる。即ち、人工ＡＡＶベクターは遺伝子をデリバリーするためのカセット、又は遺伝子抑圧剤をデリバリーするためのカセットを含むのが好ましい。例えば、失われた遺伝子を患者の脳に供給するために意図された遺伝子治療の場合、発現カセットは、プロモーター要素、失われた遺伝子をコードする配列、及びポリアデニル化シグナル配列を含むことができる。別の例において、患者の脳内で内生遺伝子の発現を抑圧することを意図された遺伝子抑圧する治療の場合、発現カセットは、プロモーター要素、小干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードする配列、及び終結配列を含むことができる。
【００９３】
一つの態様において、人工ＡＡＶベクターは、二重鎖ベクターである。二重鎖ベクターはいずれかの種類の発現カセットを含んでよく、アデノ随伴ウイルスゲノムからのインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）の５プライムコピー、続く遺伝子又は遺伝子抑圧剤に関する発現カセット（その同一性は治療される神経障害しだいである）、続くＡＡＶ−ＩＴＲの３プライムコピーによる３プライムエンドを含む。
【００９４】
別の態様において、人工ＡＡＶベクターは、何れかの種類の発現カセットを含んでよく、単鎖ベクターである。単鎖ベクターは、アデノ随伴ウイルスゲノムからのインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）の５プライムコピー、続く遺伝子又は遺伝子抑圧剤に関する発現カセット（その同一性は治療される神経障害しだいである）、続くＡＡＶ−ＩＴＲの３プライムコピーによる３プライムエンドを含む単鎖ＤＮＡセグメントを含む。任意に及び好ましくは、何れかの種類の発現カセットを含む全ＤＮＡ配列は逆相補の順序で繰り返され、それにより、ＤＮＡ配列が５プライムＡＡＶ−Ｉ、発現カセット、内部ＡＡＶ−ＩＴＲ、発現カセットの逆相補体、及び３プライムＡＡＶ−ＩＴＲを含む。３プライムＡＡＶ−ＩＴＲは５プライムＡＡＶ−ＩＴＲの逆相補体であり（例えば、本明細書中の実施例１に例示されるとおり）、そして３プライム又は５プライムの何れかのＡＡＶ−Ｉを内部ＡＡＶ−ＩＴＲとして用いることができる。結果の「自己相補性」人工ＡＡＶベクターが好ましいが、なぜならば、それがＤＮＡによりニューロンのより有効なトランスフェクションを生じさせるかもしれないからである。例えば、Ｆｕ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ８：９１１−９１７（２００３）を参照。
【００９５】
当業者には、二重鎖の人工ＡＡＶベクターの態様と単鎖自己相補性人工ＡＡＶベクターの態様が、単鎖自己相補ベクターが発現カセットの相補鎖をつなぐ単一の単鎖ＡＡＶ−ＩＴＲを有する（一方の鎖の３プライムエンドを相補鎖の５プライムエンドに共有結合させる−図２に模式的に示される）ために完全な人工ＡＡＶベクターが、発現カセットの相補鎖間で水素結合によりそれ自身の上に「フォールドバック」した一つの単ＤＮＡ鎖である、ということのみにおいて相違することを認識する。二重鎖人工ＡＡＶベクターの場合には、各エンドにおいて鎖をつなぐ非共有結合により発現カセットの５プライムエンドと３プライムエンドにおいて二重鎖のＡＡＶ−ＩＴＲｓが存在する（図３に模式的に例示されるとおり）。
【００９６】
二重鎖の人工ＡＡＶベクターを製造する例示の方法が開示される。当該方法は、５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、発現カセット、及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをあらゆる適当なＤＮＡプラスミド中に標準ＤＮＡクローニング方法を用いて集合させ；５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、発現カセット、３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをプラスミドから解放するが、ＤＮＡを５プライムＡＡＶ−ＩＴＲのすぐ５プライムの位置及び３プライムＡＡＶ−ＩＴＲのすぐ３プライムの位置において切断する制限酵素によりプラスミドを消化することにより解放し；そして標準の方法を用いて５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、発現カセット、及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲからなる直鎖状ＤＮＡ断片を精製する工程を含む。任意に、結果の直鎖状二重鎖人工ＡＡＶベクターをさらに加熱処理工程により加工してよく、例えば、精製された直鎖状ＤＮＡ断片を加熱し（例えば、６５℃又はそれ以上に１０分間又はそれより長く加熱）、次に冷却する（例えば、１０分間又はそれより長い時間をかけてＤＮＡ断片をゆっくりと室温に冷却する）ことを含む。図４に模式的に例示されるとおり、これらの加熱及び冷却の工程は、ＡＡＶ ＩＴＲｓが二次構造に集合することを許容し、この二重鎖人工ＡＡＶベクターからの長期間の遺伝子発現を助ける。
【００９７】
上で本明細書に記載された単鎖ＤＮＡを製造する例示の方法も開示される。一つの方法は、５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、発現カセット、及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをあらゆる適当なＤＮＡプラスミド中に標準ＤＮＡクローニング方法を用いて集合させ；標準インビトロ転写方法を用いてＤＮＡプラスミドから所望の単鎖ＤＮＡの単鎖ＲＮＡ転写物を生成させ；標準逆転写反応方法を用いて逆転写によりＲＮＡ転写物から単鎖ＤＮＡを生成させ；ＲＮａｓｅ酵素を用いたＲＮＡ消化により反応産物からＲＮＡ転写物を取り出し；そして標準ＤＮＡ精製方法、例えばゲル精製又はカラム親和法により反応産物から結果の単鎖ＤＮＡ産物を精製する工程を含む。
【００９８】
別の方法は、５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、発現カセット、及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをあらゆる適当なＤＮＡプラスミド中に標準ＤＮＡクローニング方法を用いて集合させ；５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲのすぐ５−プライムにてプラスミド配列中の公知の一カ所にてＤＮＡを切断する制限酵素によりプラスミドを消化することにより環状プラスミドを直鎖状化し；直鎖状化されたプラスミドの各鎖の５−プライムエンドに親和性タグ（例えば、ビオチン分子）を化学的にコンジュゲートし；３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲのすぐ３−プライムにてプラスミド配列中の公知の一カ所にてＤＮＡを切断する制限酵素によりＤＮＡ配列を切断するが、制限酵素が異なるサイズの２つの直鎖状二重鎖ＤＮＡ分子をもたらすようにし；サイズによりあらゆる適切なサイズ分離方法（例えば、カラム濾過又はゲル電気泳動）を用いてＤＮＡ分子の集団を分離して所望の二重鎖ＤＮＡを回収し；そしてＤＮＡを融解することにより、その２つの相補鎖を２つの単鎖に分離し、そして混合物をタグのための親和性カラムに通す（例えば、ビオチン分子を親和性タグとして用いたときはストレプトアビジン親和性カラム）が、工程３においてタグを付加された鎖がカラム上に捕捉されて、一方タグのない単鎖は所望の最終産物としてフロースルーするようにする。この方法は、最終産物中の配列エラーを導入するかもしれない如何なるＤＮＡ又はＲＮＡ重合工程も含まないので有利で有り得る。
【００９９】
自己相補性ＡＡＶの場合、上記方法は、５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、発現カセット、内部ＡＡＶ−ＩＴＲ、同じ発現カセットの逆相補体、及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをあらゆる適当なＤＮＡプラスミド中に標準ＤＮＡクローニング方法を用いて集合させ；（５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲから３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲまでの）ＤＮＡ配列を切断する制限酵素によりプラスミドを消化することにより環状プラスミドを直鎖状化し；サイズによりあらゆる適切なサイズ分離方法を用いて工程２からの所望のＤＮＡ配列を回収し；二重鎖ＤＮＡを融解することにより、その２つの相補鎖を２つの単鎖に分離し；そして融解されたＤＮＡの温度を（好ましくはゆっくりと）低下させることにより、単鎖が自己アニールによりヘアピン形態になることを許容する工程を含む。結果の単鎖（「センス」又は「アンチセンス」鎖）は最終産物として有用であるが、何れかの鎖が５−プライムから３−プライム方向へ所望の発現カセットのコピーを含むからである。」（【００９２】〜【００９９】）

ク．「【０１７３】・・・・・・・・・・・・
実施例７
以下の実施例は本発明の一つの態様により二重鎖人工ＡＡＶベクターを製造するための例示の方法である。この実施例においては、本明細書に開示された実施例５の工程１から工程５の方法に従い、プラスミドｐＡＡＶ−抗ＢＡＣＥ１−ＧＦＰを構築した。結果のプラスミドは、２つのＰｖｕＩＩ制限部位の間に所望のＤＮＡセグメント含む。特に、プラスミドは、５−プライムから３−プライムに向かって、ＰｖｕＩＩ部位、ＡＡＶヘアピン配列、Ｕ６転写終結配列、ポリアデニル化シグナル配列の逆相補体、ＧＦＰ蛋白質コードの逆相補体、ＣＭＶプロモーターの逆相補体、ＡＡＶインバーテッドターミナルリピート配列及びＰｖｕＩＩ部位をコードするＤＮＡ配列を含む。即ち、それは、５−プライムから３−プライムの方向に、抗−ＢＡＣＥ１ ｓｉＲＮＡの発現カセット、及びリポーター遺伝子ＧＦＰの発現カセットを逆の方向に含む（図５参照）。
【０１７４】
プラスミドｐＡＡＶ−抗ＢＡＣＥ１−ＧＦＰ中のＡＡＶ ＩＴＲｓを周囲に有する発現カセットを単離するために、７５μｇのプラスミドを制限酵素ＰｖｕＩＩとＳｃａＩにより、当業者によく知られた方法を用いて消化した。ＳｃａＩは当該プラスミドバックボーンを２つの類似の断片に消化して、プラスミドバックボーンと所望の挿入物の間にさらなる識別を可能にさせた。直鎖状断片をキアゲンのキアゲンＩＩゲル精製キットを用いてゲル精製した。直鎖状断片のパーセント回収及び質を２６０ｎｍと２８０ｎｍの吸収を測定することにより分光測光法により測定した。この定量を通して、出発製品（ｐｒｏｄｕｃｔ）の６０％が回収されて精製された直鎖状断片が十分な質であった（Ａ２６０／Ａ２８０＝１．９）ことが確定された。
【０１７５】
ＡＡＶ ＩＴＲｓが二次構造をとることを許容するため、４．５μｇの直鎖状断片（９０ｎｇ／μｌ）を６５℃に１０分間加熱することにより温度処理し、そして最短で１０分かけて室温にゆっくりと冷却した。次のインビトロ実験における使用のための対照として、未処理の直鎖状断片を室温に１０分間そのままにして加熱された断片を冷却した。未処理の直鎖状断片及び処理された（加熱されて冷却された）断片の予測されるコンフォメーションをそれぞれ図３と図４に示す。室温におけるインキュベーションの直後に、これらの人工ＡＡＶベクターを一時的にＨＥＫ２９３にトランスフェクトした。
【０１７６】
トランスフェクション実験の目的は、人工ＡＡＶベクターをトランスフェクトされた細胞内でのＥＧＦＰ発現の長命性（ｌｏｎｇｅｖｉｔｙ）を、ＥＧＦＰ発現カセット（ｐＴＲＡＣＥＲ−ＣＭＡ２，インビトロジェンコーポレーション、カールスバッド、ＣＡ、により入手可能）を含む環状プラスミドをトランスフェクトされた細胞内のＥＧＦＰ発現の長命性と比較することであった。この実験は、本発明の人工ＡＡＶベクターで処理された細胞内でのＥＧＦＰ発現が環状プラスミドｐＴＲＡＣＥＲ−ＣＭＶ２で処理された細胞内でのＥＧＦＰ発現よりも長く続いき得たか（合議体注：「続き得たか」の誤記と認められる。）否かを観察するためにデザインされた。方法：ＨＥＫ２９３細胞のトランスフェクション：
ＨＥＫ２９３Ｔ（ＡＴＣＣ＃ＣＲＬ１１２６８）を、４．５ｇ／Ｌのグルコースを含み、そして１０％ＦＢＳ及びペニシリンとストレプトマイシンを追加されたＤＭＥＭ中で培養した。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞のトランスフェクションの前日に６ウエル組織培養プレートに５ｘ１０５細胞／ウエルの密度にて接種した。この接種密度は、トランスフェクションの日に約８０％コンフルエントのウエルを生じた。
【０１７７】
ＨＥＫ２９３Ｔ細胞にＴｒａｎｓｉｔ ＴＫＯ（ミルス）をトランスフェクトし、製造者の推奨に従った。簡単に言えば、６μＬのＴｒａｎｓｉｔ−ＴＫＯを２００μＬのＯｐｔｉ−Ｍｅｍ還元血清培地に５ｍＬポリスチレンチューブ中で加えた、ボルテックス混合した。希釈されたトランスフェクション試薬を室温において１５分間インキュベーションした。１マイクログラムの適切なＤＮＡを各チューブに加え、ＤＮＡを穏やかに混合して室温において２０分間インキュベーションした。サンプルは：（１）偽トランスフェクトされた（Ｈ２Ｏ）；（２）ｐＴＲＡＣＥＲプラスミド（１μｇ）；（３）人工ＡＡＶベクター（１μｇ）；及び（４）温度処理された（例えば、加熱されて冷却された）人工ＡＡＶベクター（１μｇ）を含んだ。インキュベーション後に、細胞上の培地を除去し、そして２ｍＬの正常な生育培地（ＤＭＥＭ，高グルコース、１０％ＦＢＳ，ペニシリン／ストレプトマイシン）に置き換えた。ＤＮＡ複合体をゆっくりと細胞に滴下により加え、穏やかな振動により混合した。トランスフェクトされた細胞を３７℃において５％ＣＯ２を含む湿潤加湿器中でインキュベートした。ＥＧＦＰ発現後に、トランスフェクトされた細胞の写真を２−４日ごとにトランスフェクションの３０日後まで撮った。全ウエルを表すエリアを写真に撮った。写真を撮った日に、全てのトランスフェクト細胞上の培地を新鮮な正常生育培地に置き換えた。
【０１７８】
トランスフェクトされた細胞中のＥＧＦＰ発現の比較を可能にするため、デジタル写真の全てを同じパラメーターで撮った。イメージの分析は、人工ＡＡＶベクターからのＥＧＦＰ発現の持続を明らかにした。さらに、加熱して冷却した人工ＡＡＶベクターは、細胞をトランスフェクトしてＥＧＦＰ発現を持続することに関して、実質上はいっそう有効であった。これは、図６に示すとおりトランスフェクションの６日及び２３日後に回収されたイメージにて明らかである。
【０１７９】
図６において観察され得るとおり、９５％を超えるプラスミド由来のＥＧＦＰ発現がトランスフェクションの１２日後に消失した。最後の温度処理工程（例えば、加熱及び冷却）なしに生産された人工ＡＡＶベクターはほんの僅かな細胞においてのみＥＧＦＰ発現を生じた；しかしながら、ＥＧＦＰ発現はそれらの細胞中で持続した。観察された持続は、トランスフェクトされた細胞の少数においてＡＡＶ−ＩＴＲｓの二次構造の形成、続いて二次構造が上記細胞中でＩＴＲｓを達成したためにＥＧＦＰの発現が持続する指標として解釈され得る。温度処理工程（例えば、加熱及び冷却）を含む開示方法に従い製造された人工ＡＡＶベクターは、トランスフェクションの２７日後に連続するＥＧＦＰ発現をもたらした。連続する発現は温度処理工程（例えば、加熱及び冷却）によるＡＡＶ−ＩＴＲｓの二次構造の形成の指標として解釈でき、ＥＧＦＰの持続する発現に資するこれらの構造が人工ＡＡＶベクターによりトランスフェクトされた実質上全ての細胞に存在した。
【０１８０】
実験はトランスフェクションの２７日後に終了したが、顕著な細胞の損失がこの時間点の後に起こり始めたからであった。温度処理された人工ＡＡＶベクターからの発現を上記プラスミドからの発現と比較すると、発現の持続における１００％を超える増加（日数）が人工ＡＡＶベクターから得られた。
【０１８１】
この実施例は、顕著で安定な発現が主題の発明の態様である人工ＡＡＶベクターから得られて、開示された方法に従い生産できることを例示する。この人工ＡＡＶベクターからの発現は、環状プラスミドからの発現よりも長く持続すると観察された。」（【０１７３】〜【０１８１】）

上記記載事項ア．〜エ．及びキ．によると、引用文献１には、「５プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡおよび３プライムＡＡＶ−ＩＴＲを含み、
５プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡおよび３プライムＡＡＶ−ＩＴＲをこの順序で含み、キャプシッドをコードするためのコーディング配列を含まない、単離された直鎖状ＤＮＡ。」の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。

第５ 対比
本願発明と引用発明とを対比すると、引用発明の「５プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ−ＩＴＲ）」は、本願発明の「第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向末端反復（ＩＴＲ）」に相当し、引用発明の「生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ」は、本願発明の「関心のあるヌクレオチド配列」に相当し、引用発明の「３プライムＡＡＶ−ＩＴＲ」は、本願発明の「第２ ＡＡＶ ＩＴＲ」に相当し、引用発明の「キャプシッドをコードするためのコーディング配列を含まない」は、本願発明の「ＡＡＶカプシドタンパク質コード配列を欠く」に相当し、引用発明の「直鎖状ＤＮＡ」は、本願発明の「線状核酸分子」に相当する。
そうすると、本願発明と引用発明とは、「単離された線状核酸分子であって、該単離された線状核酸分子は、第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向末端反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲからなり、
第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向末端反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲをこの順序で含み、ＡＡＶカプシドタンパク質コード配列を欠く、単離された線状核酸分子。」である点で一致し、両者は以下の点で一応相違する。

相違点１：本願発明は、「対象者の細胞、器官または組織において外因性ＤＮＡの発現を介在する、関心のあるヌクレオチド配列を運搬するための方法において使用するための」ものであるのに対し、引用発明は、そのような特定はされていない点。

相違点２：本願発明は、「核酸分子は原核生物型のＤＮＡメチル化を欠く」ものであるのに対し、引用発明は、そのような特定はされていない点。

第６ 当審の判断
以下、上記相違点について検討する。
相違点１について
本願発明は、「線状核酸分子」という化合物に係る発明であるが、「対象者の細胞、器官または組織において外因性ＤＮＡの発現を介在する、関心のあるヌクレオチド配列を運搬するための方法において使用するための」という記載は、本願明細書及び出願時の技術常識を考慮しても、その化合物の有用性を示しているにすぎないから、本願発明は、用途限定のない「線状核酸分子」そのものであると解されるので、上記相違点１は実質的な相違点とはいえない。
なお、引用文献１には、「遺伝子又は遺伝子抑圧因子を患者の脳へデリバリーするための人工ＡＡＶベクターの使用は、プラスミドＤＮＡをデリバリーすること、又は実際のＡＡＶウイルス粒子をデリバリーすることを超えた多数の利点を有し得る。プラスミドＤＮＡよりも、ＡＡＶベクターのＤＮＡを脳へデリバリーする一つの可能な利点は、霊長類の脳内でのＡＡＶによりデリバリーされた遺伝子構築物の発現が少なくとも３から４年は継続することが知られていることであり、一方、プラスミドからの遺伝子構築物の発現は一時的である。」（上記記載事項ウ．）、「【００６２】 小干渉ＲＮＡを患者の脳にデリバリーするために、・・・・・・【００７４】 脳内のニューロンへの外来のＤＮＡのデリバリーのための好ましいベクターは、・・・・・・【００７６】 哺乳類細胞内でｓｉＲＮＡｓを発現するｓｉＲＮＡベクターの構築は、・・・・・・」（上記記載事項オ．）と記載されており、「対象者の細胞、器官または組織において外因性ＤＮＡの発現を介在する、関心のあるヌクレオチド配列を運搬するための方法において使用するための」という用途も、引用文献１に記載されているものと認められる。

相違点２について
引用文献１には、引用発明の直鎖状ＤＮＡを製造する方法として、５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをＤＮＡプラスミド中に標準ＤＮＡクローニング方法により集合させ、標準インビトロ転写方法を用いてＤＮＡプラスミドから所望の単鎖ＤＮＡの単鎖ＲＮＡ転写物を生成させ、標準逆転写反応方法を用いて逆転写によりＲＮＡ転写物から単鎖ＤＮＡを生成させ、ＲＮａｓｅ酵素を用いたＲＮＡの消化により反応産物からＲＮＡ転写物を取り出し、標準ＤＮＡ精製方法により反応産物から単鎖ＤＮＡ産物を精製することにより、直鎖状ＤＮＡを単離精製して製造する方法が記載されている（上記記載事項イ．の【請求項８６】〜【請求項８７】、上記記載事項キ．の【００９７】）。
そして、そのようなインビトロ転写方法、逆転写反応方法を用いて得られる直鎖状ＤＮＡは、細菌内で行われる方法ではなく、インビトロで行われる合成方法で製造されるので、原核生物型のＤＮＡメチル化を有しないものであることは明らかであるから、上記相違点２は、実質的な相違点とはいえない。

したがって、本願発明は、引用文献１に記載された発明であるから、特許法第29条第1項第3号に該当し、特許を受けることができない。

第７ 審判請求人の主張について
審判請求人は、令和 ３年 ６月１５日付け意見書において、以下のア．、イ．の点を主張しているので、以下この点について検討する。

ア．引用文献１に記載された線状核酸分子は、請求項９４、要約及び図５の記載から、プラスミドから切除された分子であり、すなわち、細菌性細胞から生産されたものであり、細菌性のメチル化されたＤＮＡを有するものであることは明らかであり、補正後の本願発明は「核酸分子は原核生物型のＤＮＡメチル化を欠く」ことを要件としたので、本願発明は、引用文献１に対して新規性を有する。

イ．本願明細書に記載されているデータは、本願発明の核酸分子がインビトロ（実施例３）及びインビボ（実施例４及び５）において効率的なレポーター遺伝子の発現を可能とし、実施例５に示されるように免疫応答を惹起しないという格別な効果を奏することを示すものであり、このような効果は、インビボのデータを示していない引用文献１の記載から予測し得ないものであり、本願発明の核酸分子は、引用文献１に記載の核酸分子と少なくとも「核酸分子は原核生物型のＤＮＡメチル化を欠く」点において異なるものである。

主張ア．について
上記第６で述べたように、引用文献１には、請求項９４等の記載以外にも、引用文献１に記載された直鎖状ＤＮＡを製造する方法として、５−プライムＡＡＶ−ＩＴＲ、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ及び３−プライムＡＡＶ−ＩＴＲをＤＮＡプラスミド中に標準ＤＮＡクローニング方法により集合させ、標準インビトロ転写方法を用いてＤＮＡプラスミドから所望の単鎖ＤＮＡの単鎖ＲＮＡ転写物を生成させ、標準逆転写反応方法を用いて逆転写によりＲＮＡ転写物から単鎖ＤＮＡを生成させ、ＲＮａｓｅ酵素を用いたＲＮＡの消化により反応産物からＲＮＡ転写物を取り出し、標準ＤＮＡ精製方法により反応産物から単鎖ＤＮＡ産物を精製することにより、直鎖状ＤＮＡを単離精製して製造する方法が記載されており（上記記載事項イ．の【請求項８６】〜【請求項８７】、上記記載事項キ．の【００９７】）、そのようなインビトロ転写方法、逆転写反応方法を用いて得られる直鎖状ＤＮＡは、細菌内で行われる方法ではなく、インビトロで行われる合成方法で製造されるので、原核生物型のＤＮＡメチル化を有しないものであることは明らかであるから、審判請求人の上記主張ア．は採用できない。

主張イ．について
引用文献１には、引用文献１に記載された直鎖状ＤＮＡを用いて、抗−ＢＡＣＥ１ ｓｉＲＮＡ、レポーター遺伝子ＧＦＰをヒト細胞（ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）において発現させた場合に、持続した発現がみられたことが記載されている（上記記載事項ク．）から、効率的なレポーター遺伝子の発現を可能とするという効果は、引用文献１に記載された効果であり、また、引用文献１には、「細胞培養実験により、上記配列の各々がヒト細胞により発現される対応遺伝子のｍＲＮＡのレベルを抑圧することにおいて有効であるｓｉＲＮＡをコードすることが確認された。重要なことは、本明細書に例示された抗−アタキシン−１小干渉ＲＮＡ、抗−ＢＡＣＥ１小干渉ＲＮＡ、及び抗−ハンチンチン小干渉ＲＮＡ、並びに神経変性疾患を治療するための他の小干渉ＲＮＡは、発明の態様の当然のいくつかの例（ｊｕｓｔ ｂｕｔ ｓｏｍｅ ｅｘａｍｐｌｅｓ）である。神経科学において経験をした者には知られている、神経外科手法を動物と共に用いる実験は、候補の小干渉ＲＮＡを同定するために使用することができる。ｍＲＮＡ及びこれらの経験的な方法により同定された対応する小干渉ＲＮＡの標的部位は、主題の神経変性疾患の患者に投与されたときに多大な治療効果を導くものになる。」と記載されている（上記記載事項オ．の【００６９】）から、引用文献１に記載されている実験結果から、インビボにおいても同様の効果が得られるものと認められる。
また、引用文献１には、「遺伝子又は遺伝子抑圧因子を患者の脳へデリバリーするための人工ＡＡＶベクターの使用は、プラスミドＤＮＡをデリバリーすること、又は実際のＡＡＶウイルス粒子をデリバリーすることを超えた多数の利点を有し得る。・・・・・・ＡＡＶウイルス粒子のデリバリーを超えた合成ＡＡＶベクターのＤＮＡをデリバリーする利点は、いくつかあり得る。第１に、まさにＤＮＡのデリバリーはＡＡＶウイルスキャプシッドの患者脳へのデリバリーを回避できる。ＡＡＶウイルスキャプシッド蛋白質が免疫応答をおそらくは誘導するから、ウイルス粒子をデリバリーする必要が無しで済むということが、治療に対する逆免疫反応の危険のほとんどを回避することができる。」と記載されており（上記記載事項ウ．）、免疫応答を惹起しないという効果は、引用文献１に記載された効果である。
したがって、審判請求人の上記主張イ．は採用できない。
なお、本願優先日前に公表された文献であるMol.Ther.(2003)Vol.7,No.1,p.101-111には、引用文献１に記載された直鎖状ＤＮＡと同様の、ＡＡＶ−ＩＴＲ、外来性ＤＮＡ、ＡＡＶ−ＩＴＲからなる直鎖状ＤＮＡが記載されており、該直鎖状ＤＮＡをインビボでマウスに投与した場合に、ゲノムに取り込まれた実験結果が記載されている（要約）が、プラスミド由来のベクターが宿主ゲノムに取り込まれた後に、細菌のＤＮＡメチル化が失われることが記載されている（第１０２頁左欄下から第３行〜第１０４頁右欄第１４行）から、原核生物型のＤＮＡメチル化の有無が哺乳動物に投与する際に大きな問題になるとは認められない。

第８ むすび
以上のとおり、本願の請求項１に係る発明は、引用文献１に記載された発明であるから、特許法第29条第1項第3号に該当し、特許を受けることができないので、本願は、他の請求項について検討するまでもなく、拒絶すべきものである。
よって、結論のとおり審決する。
 
別掲 （行政事件訴訟法第４６条に基づく教示） この審決に対する訴えは、この審決の謄本の送達があった日から３０日（附加期間がある場合は、その日数を附加します。）以内に、特許庁長官を被告として、提起することができます。

審判長 田村 聖子
出訴期間として在外者に対し９０日を附加する。
 
審理終結日 2021-10-07 
結審通知日 2021-10-12 
審決日 2021-10-27 
出願番号 P2017-093751
審決分類 P 1 8・ 113- WZ (C12N)
最終処分 02   不成立
特許庁審判長 田村 聖子
特許庁審判官 平林 由利子
高堀 栄二
発明の名称 無カプシドＡＡＶベクター、組成物ならびにベクター製造および遺伝子運搬のための方法  
代理人 特許業務法人川口國際特許事務所  
代理人 特許業務法人川口國際特許事務所  
代理人 特許業務法人川口國際特許事務所  
代理人 特許業務法人川口國際特許事務所  
代理人 特許業務法人川口國際特許事務所  

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